魔法のステッキに人々の想いを込めて、日夜、悪いアクマを退治する。それが、魔法少女☆ミカリン。だがしかし…肝心の“想い”が届かない。“想い”がないと、魔法のステッキも曇ってしまって、ただの棒となってしまう…。深果梨はこれまで一人で活動を続けてきたが、魔法少女としての更なる活躍には、頼りになる助手が必要…と本人は考えていた。そんなとき、学園へとやってきた主人公と出会うのだった。